Halal Center berangkat dari dikeluarkannya UU No. 33 Tahun 2014 tentang Jaminan Produk Halal. Jaminan Produk Halal sendiri oleh negara dianggap tanggung jawab pemerintah, maka pemerintah melalui Kementerian Agama membentuk suatu badan yakni Badan Penyelenggara Jaminan Produk Halal (BPJPH). BPJPH dalam melaksanakan programnya harus membentuk suatu lembaga indepen yang bisa didirikan oleh perguruan tinggi maupun organisasi keagamaan, lembaga itu dinamakan Lembaga Pemeriksa Halal (LPH).

            LPH oleh Kementerian Agama bisa didistribusikan ke perguruan tinggi yang berkompeten, baik perguruan tinggi umum maupun perguruan tinggi Islam. UIN Sunan Kalijaga sendiri ditunjuk oleh Kementerian Agama melalui BPJPH untuk mendirikan LPH, karena UIN Sunan Kalijaga dianggap berkompeten dan mampu atau telah memenuhi persyaratan berdasarkan Undang-Undang. LPH yang didirikan UIN Sunan Kalijaga berdasarkan SK Rektor Nomor 131 Tahun 2019 yang kemudian membentu suatu lembaga yang sekiranya bisa menaungi semua kegiatan dari LPH, maka terbentuklah suatu badan di tahun 2019 yang bernama Halal Center.