- Tulisan “حلال” dalam logo Halal Center UIN Sunan Kalijaga merupakan spirit dalam mewujudkan visi organisasi yakni sebagai pusat studi yang unggul dan terkemuka dalam kajian halal untuk masyarakat Indonesia dan dunia. Tulisan “حلال” dituangkan dalam pilihan warna hitam yang merupakan simbol ketegasan. Dengan demikian, kajian halal yang ditumbuh-kembangkan oleh Halal Center UIN Sunan Kalijaga adalah kajian halal yang konsep-konsepnya secara tegas termaktub dalam al-Qur’an dan al-Sunnah.
- Tulisan “حلال” dituangkan dalam background berwarna putih yang melambangkan kesucian, kebersihan, kebaikan dan keintelektualan yang hakiki. Dengan demikian, kegiatan-kegiatan sebagaimana termaktub dalam misi dan tujuan Halal Center UIN Sunan Kalijaga senantiasa dilandasi oleh nilai-nilai kesucian, kebersihan, kebaikan dan keintelektualan yang hakiki.
- Tiga buah persegi menggambarkan tiga pendekatan Halal Center UIN dalam mencapai visi, misi, dan tujuannya. Dalam pencapaian tersebut, tiga pendekatan tertuang dalam kajian disiplin ilmu-ilmu umum (eksakta dan humaniora) dan kajian ilmu-ilmu keislaman, dengan dibingkai dalam nilai-nilai, etika dan moral. Sementara itu, berkelindannya satu persegi dengan persegi yang lain memberikan gambaran bahwa ketiga disiplin ilmu tersebut saling berkaitan dan tidak terpisah satu sama lain.
- Tiga buah persegi dalam logo Halal Center UIN Sunan Kalijaga dilukiskan dengan dua pilihan warna yang berbeda, yakni satu buah persegi berwarna emas dan satu buah persegi berwarna hijau. Warna emas dimaknai sebagai kehormatan, kemuliaan, kekekalan, keabadian, kesetiaan dan pengabdian. Warna hijau dimaknai sebagai kontinuitas, kesegaran, kealamiahan dan pembaharuan. Warna hijau juga merupakan simbol harapan, pertumbuhan, kelahiran, kemakmuran, kesuburan, regenerasi dan juga memuat pesan religius.