Pembentukan Lembaga Halal Center UIN Sunan Kalijaga pada tahun 2019 bertujuan dalam rangka mempersiapkan lembaga penjamin Halal dari lingkungan Universitas dalam merespon UU JPH No. 33 Tahun 2014 mengenai Penjaminan Produk Halal, yang implementasinya akan ditetapkan mulai tanggal 17 Oktober 2019.

Persiapan lembaga Halal Center UIN Sunan Kalijaga melibatkan beberapa personel yang dianggap kompeten dan memiliki komitmen dalam mendukung Program penjaminan halal di Indonesia, melalui berbagai kegiatan yang diharapkan juga merupakan perwujudan fungsi Tri Dharma Perguruan tinggi, yakni pendidikan, penelitian dan pengabdian terhadap masyarakat.

Salah satu kegiatan yang merupakan tahap persiapan lembaga Halal Center UIN Sunan Kalijaga adalah pelaksanaan Rapat Kerja perdana yang dilaksanakan pada tanggal 9 s.d. 11 September 2019, di Hotel Galuh Prambanan. Rapat Kerja ini dibuka oleh Rektor UIN Sunan Kalijaga, Prof. Drs. KH. Yudian Wahyudi, MA., Ph.D., dan dihadiri segenap pengelola Halal Center UIN sunan Kalijaga, dilanjutkan penandatanganan Nota kesepahaman dalam hal Pengembangan Tri Dharma Perguruan Tinggi antara UIN Sunan Kalijaga dengan LPPOM Daerah Istimewa Yogyakarta. Sebagai acara inti pembuka di hari pertama rapat kerja diisi dengan paparan materi mengenai Wawasan IPTEK Halal di Era 4.0 oleh Direktur LPPOM MUI Daerah Istimewa Yogyakarta, Prof. Dr. Ir. H. Tridjoko Wisnu Murti, DEA. Dalam paparannya dijelaskan bahwa dalam merespon perkembangan era 4.0, lembaga pemeriksa halal yang dibentuk diharapkan juga responsif terhadap berbagai perkembangan yang demikian cepat (revolusi) yang ditandai dengan semakin berkembangnya internet of thing (IoT), Big Data, dan intergated sciences.

Dalam Rapat Kerja hari kedua dan ketiga, yang dipimpin oleh Ketua Halal Center UIN Sunan Kalijaga Prof. Dr. H. Makhrus Munajat, S.H., M.Hum., dirumuskan Visi, Misi, Tujuan, Struktur organisasi, Program kerja dan rencana kegiatan Halal Center dalam kurun waktu 5 tahun ke depan. Diharapkan, Halal Center UIN Sunan Kalijaga dapat berkontribusi nyata bagi masyarakat Indonesia dalam implementasi UU JPH yang tinggal menunggu waktu untuk disahkan.